신천지의 조직은 총회장을 중심으로 총회가 구성되어 있다.

총회장은 하나님을 대신하며, 총회장 아래 7교육장이 있고 전국에 12지파장과 24장로가 있다.

총회에는 24부서가 있는데 정부로 말하면 행정을 담당하는 각 부처와 같다.

그리고 24부서를 총괄하는 총무가 있는데 나라로 말하면 국무총리와 같은 역할이다.

하나님 보좌를 둘러쌌다는 24장로는 총무, 신학, 교육, 사업, 섭외, 서무, 자문(장로, 권사), 문화, 교통 통신,

체육 보건, 장년, 건설, 선교, 기획, 전도 구역, 청년, 친교 감사, 홍보 출판, 재무, 부녀, 설계, 학생 유년,

후생 봉사, 찬양 등 24개 부서와 6개 분과로 나눠 행정 실무를 담당하고 있다.

또 7교육장은 교육, 기획 감사를 맡고 있다.

「신천지발전사」에 따르면, 신천지는 요한계시록 4장과 21장의 ‘새하늘과 새땅’을 상징하며

영계보좌를 지상에 옮겨 놓은 형태라고 주장한다.

1) 7교육장

   일곱 명의 교육장은 계시록 4장의 보좌 앞 일곱 등불의 영의 상징으로 신천지의 모든 교육과 기획을 책임지고 있다. 총회장의 눈 역할로 신천지 전국을 순방하며 총회 및 지방 12지파의 24개부서 행정을 감사하고 보고하는 업무를 담당하고 있다.

2) 12지파장

   12지파장은 총회본부와 자기 지방에 지파 보좌를 두고 총회 보좌 조직과 같이 24개 행정 업무 보고를 한다. 12지파장은 12문, 12기초석, 12사도를 상징한다. 이들은 영적 새이스라엘 나라완성, 12지파 완성을 위해 소위 인치는 사역을 한다. 전봉(본부총무), 지재섭, 박용찬, 정해동, 신정용, 김선갑, 이경휘, 신준수, 김정택, 장방식, 오재영, 이범노 등이 지파장으로 활동하고 있다.

   12지파장은 본부 요한지파(녹보석)를 중심으로 광주 베드로지파(벽옥), 부산 야고보지파(남보석), 부산 안드레지파(옥수), 대구 다대오지파(홍마노), 강원 빌립지파(홍보석), 영등포 시몬지파(황옥), 부천 바돌로매지파(녹옥), 부평 마태지파(담황옥), 대전 맛디아지파(비취옥), 성북 야고보지파(청옥), 화정 도마지파(자정)로 나눠져 있다.

   최근 탈퇴한 신천지 전(前) 교육장은, 전국에 분포된 것으로 알려진 12지파는 사실상 서울 경기 지역에 여섯 개 지파가 밀집되어 있으며 전라도에 한 개 지파, 경상도는 부산에 두 개, 대구에 한 개로 총 세 지파, 강원도에 한 지파, 충청도에 한 지파로 구분돼있다고 증언했다.

   현재 45개 정도의 교회, 70여 개의 신학원이 운영되고 있으며 교인 수는 약 5만 명으로 추정된다. 약 5천 명이 전국의 교육원에서 수강하고 있다. 신천지의 적극적인 포교활동을 보면 신도 수가 곧 10만이 될 것 같은데 전도되는 사람 수에 비해서 신도가 많이 늘어나지는 않는다. 그 이유는 탈락하는 사례가 많기 때문이다. 들어오는 만큼 또 많이 빠져 나간다고 한다.

3) 24장로

   총회 본부 24장로는 총회 행정 업무를 담당하고 보고 및 지시를 담당하며 매월 각 지방 12지파에서 보고한 업무를 검토하고 그 결과를 총무 장로를 통해 총회장에게 보고한다.