신천지의 뿌리는 1966년 유재열이 시작한 장막성전이다. 유재열은 자신이 어린양이며 보혜사 성령이라고 주장해 성도들을 미혹했다. 이후 유재열은 신도들을 상대로 사기 등 공갈협박으로 구속됐고 장막성전은 분열됐다. 유재열의 다섯 제자는 각각 교주가 되어 각자의 장막성전을 만들었다.

   그 중 이만희는 ‘신천지 예수교 증거장막성전’을 만들어 유재열의 교리를 인용, 자칭 보혜사 성령, 재림 예수라고 주장하기에 이른다. 신천지 측은 유재열의 장막성전이 하나님과 피로 새운 언약을 끝까지 지키지 못해 1980년에 멸망한 것으로 정리했다. 이만희는 유재열을 비판하다가 명예훼손혐의로 고발돼 1980년 10월, 성북구치소에 98일간 수감됐고, 3년 6개월간 집행유예 기간을 겪었다. 이만희는 3년 6개월의 형기가 요한계시록 11장 11절의 ‘삼일 반’과 다니엘 7장 25절의 ‘한 때, 두 때, 반 때’를 뜻한다며 자신이 증거의 실상이라고 주장했다.

   「신천지 발간사」를 통해 밝히고 있는 신천지의 역사는 다음과 같다. 1981년 2월 선고 유예로 출감한 이만희는 소수의 추종자와 함게 청계산과 비산동 관악산을 다니며 선고 유예 기간을 마칠 때까지 산에서 모임을 가졌다.

   1984년 2월 7일 선고 유예 기간이 끝나자 본격적인 활동을 시작한다. 같은 해 6월 3일 안양시 비산동 아파트 지하실에 성전을 마련하고 정식으로 예배를 시작했다. 9월 24일에는 ‘신천지 성헌’을 발표했는데 이 성헌에는 1984년 3월 14일이 신천지 창립일로 기록되어 있다. 12월 25일에는 문화재단을 창설해 도서출판신천지를 발족했다.

   다음해인 1985년 4월 5일에는 안양시 비산2동 238-13호로 성전을 이전했다. 같은 해 6월 5일에는 신천지 교리서인 「신탄」을 출간했고, 12월 12일에는 「요한계시록의 진상」을 출간하고 집회를 시작했다.

1986년 1월 2일에는 교육자선교협의회와 영등포, 성북, 안양, 인천, 천안, 대전, 대구, 부산, 광주, 동해에 신천지 지교회를 설립했다. 12월 11일에는 「계시록완전해설」을 출간했다.

   1987년 8월 16일 비산동에서 관양동 173-1호로 이사해 첫 예배를 드렸으며, 1988년 2월 25일에는 「성도와천국」이라는 소책자를 발행했다. 5월 31일, 「계시록의진상Ⅱ」를 출간했고, 8월 1일에는 「성도와천국」3원이 출간됐다. 1990년 1월 부산에 여명교회를 설립했으며 4월에는 성남교회를 설립했다.

   1990년 6월 12일 방배2동에 신천지 신학 교육원을 설립한 것이 ‘무료성경신학원’의 시초이다. 초창기에는 신천지 신도들을 대상으로 교육이 이루어졌으나 점차 기성교회 신도들을 포교하여 교육하기 시작했다. 이후 1991년 1월에는 부산에서, 5월에는 광주에서 무료성경신학원을 시작했다. 1992년에는 전국에 21개의 무료성경신학원을 설립했고, 초등 중등 고등 교재로 가르쳤다. 이 시기에 「성도와천국」4권을 출간한다. 같은해 1월 14일 유월절을 기념해 신천지 전국 성도가 ‘예수님의 새언약’에 따라 피로 언약했다. 1993년에는 마산, 전주, 포항에 지교회를 설립했고 인천에 120여 평의 교회를 열었다. 본부 산하 신학원이 8개 추가돼 총 15개의 신학원이 세워졌으며 전국에는 45개의 신학원이 설립됐다.

   1995년 3월 14일, 신천지 창립 11주년 기념일에 본부 7교육장, 12지파장, 24장로 등의 보좌조직을 구성했다. 서울 구의동, 부산 동래에 교회를 설립했으며 본부 산하 28개 신학원 중 불광, 인천지역에 있는 신학원은 지파로 승격했다. 본부를 중심으로 전국 90여 개의 신학원을 세웠으며 당시 신학원 수강자는 1000여명이었다. 「성도와천국」 5권이 발행됐고, 1996년 5월 31일 「영핵」을 출간한다. 이후 계속되는 신천지 신학원의 확장을 통해 현재까지 수단과 방법을 가리지 않는 포교활동을 해오고 있다.