1) 가정파괴

신천지에 의한 피해 중 가장 대표적인 사례는, 신천지에 빠진 가족이 가출하는 경우다. 2006년 12월, 신천지피해자가족모임의 결성은 가족들이 입은 정신적, 육체적 피해의 정도를 간접적으로 보여주는 것이라 할 수 있다. 이 모임에 의하면 자녀나 부인 등 가족이 가출해 모임에 가입한 사람이 백여 명이 넘으며 집계되지 않은 피해자들이 전국적으로 많이 있는 것으로 예상돼 피해자의 수를 가늠하기 어렵다고 한다.

2) 교회분열

최근 각 개교회마다 신천지의 위장침투가 큰 문제가 되고 있다. 이미 잘 알려진 대로 신천지에서 일정기간 이상 교육을 받은 뒤 기성교회에 새신자로 위장해 등록하는 방법이다. 이들은 적극적인 교회생활로 교인들의 신뢰를 얻은 뒤 관계전도를 통해 한 명 한 명씩 기성교회 신도들을 신천지화한다. 최근 전남지역에서 발견된 신천지 문건에 의하면 전남 대부분의 지역에 신천지가 침투해 있으며 모 교회는 100여 명의 신천지 신도가 위장 등록한 것으로 밝혀졌다.

3) 학원침투

신천지 측이 대학에 침투하는 방법은 이미 잘 알려진 대로 정상적인 동아리로 가장하는 방법이다. 가장 크게 드러났던 것은 ‘전남대 사건’이다.

지난 2000년부터 2005년까지 6년에 걸쳐 신천지와 전남대 기독교연합회(이하 전기연)의 학내투쟁과 법적싸움이 있었다. 신천지 측은 전남대 동아리연합호(이하 동연회)를 수년에 걸쳐 장악했다. 2000년에는 3명, 2001년에는 4명, 2002년에 5명, 2003년 6명으로 매년 한 명씩 추가해 결국 동연회 전체를 장악했다. 이들은 동연회의 과반수를 차지했던 2001년, 교내 기독교 동아리들을 제명했다. 전기연은 전단지를 배포해 학내에 신천지의 폐혜를 알렸으며 신천지 측은 전기연을 명예훼손으로 고소했다. 수년에 걸친 싸움과 고소 끝에 결국 신천지 측이 패소했으며 동연회에서도 자격을 정지당해 마무리 됐다.

이 밖에 온라인에서 신천지의 폐해를 알리는 까페 등은 명예훼손을 빙지한 신천지의 고소고발로 폐쇄되고 있다.